מוזיאון יד-מרדכי — בתכנון אריה שרון, אלדר שרון, והאדריכלים יורם דיאמנט ומרדכי דוברובסקי, שהיו אחראים על הפרויקט במשרדם — מנחיל את האתוס הציוני של ההיחלצות משואה לתקומה בתצוגה המתארת את גבורת הפרטיזנים, עמידת הקיבוץ בימי הפלישה המצרית ב-1948, ועוד. הבניין שוכן על מורדות גבעה בקיבוץ יד-מרדכי, שנקרא על שם מרדכי אנילביץ׳, ממנהיגי מרד גטו ורשה. מראש הגבעה נשקף נוף פנורמי של הקיבוץ וסביבתו, אך ההגעה אליו דרשה טיפוס של כמה מפלסים. במפלס התחתון מוקמו שירותים, דוכן ספרים וקפטריה. משם ממשיכים המבקרים אל המפלס העליון, המוביל אל חלל הכניסה של המוזיאון.
הבניין תוכנן בהשראת האדריכלות הסטרוקטורליסטית שפיתח אלדר שרון עם שותפיו הקודמים, אלפרד נוימן וצבי הקר. צורת הבניין נקבעה על בסיס רשת מודולרית הערוכה בזוויות של 60 ו-120 מעלות. הפרוגרמה פירטה חללי תצוגה במפלסים שונים, ואלה אורגנו ברצף ספירלי סביב אולם מרכזי, המתפקד כגרעין הבניין ומערכותיו השונות. מחלל הכניסה מגיעים המבקרים לאולם תצוגה רחב ידיים, שבו מוצג סיפור ההגנה והגבורה של הקיבוץ, מעטים מול רבים. משם מובילה הדרך לאולם מרתפי תחתון, שבו מוצג מרד גטו ורשה וסיפורי הפרטיזנים והניצולים שייסדו את קיבוץ יד-מרדכי, וממנו עולים אל חללי תצוגה נוספים בקומות העליונות.
האדריכלים ביקשו לקשור את פנים הבניין למרחב שבחוץ, ולשם כך פערו חלונות בפינות כל חלל, שמהם נשקף נוף הסביבה. כמו כן נחפרה סביב הבניין תעלת מים, שמימיה נאספים אל בריכה החודרת פנימה אל תוך הבניין. קירות המוזיאון הושארו אטומים כנהוג לצרכי תצוגה, וצוהרים נקבעו לכן בתקרות להחדרת אור ואוויר ולהדגשה נוספת של הקשר עם החוץ. הבניין עצמו נבנה מבטון חשוף וסרוק בדגם קורדרוי, שיצר אפקט של אור וצל בחזיתות. צורתו יוצאת הדופן של הבניין משכה אליו תשומת לב רבה, אך גם ביקורת על כך שבייחודו הוא מאפיל אולי על התצוגה.
